Comenzaremos la descripción de la decoración de la iglesia por el presbiterio, quizás la parte más interesante de todo el conjunto, sin desmerecer por supuesto la bóveda y arcos perpiaños de la nave.

Ligeramente sobreelevado en relación con el suelo de la nave, su acceso se realiza subiendo una doble grada. De planta cuadrada, pasa a circular en altura mediante cuatro pechinas que sustentan la cúpula de media naranja, provista de linterna, que apea en cuatro arcos torales que descargan su empuje en sendas pilastras.

Destaca en primer lugar, la aplicación de la policromía en colores blanco y gris, lo que hace que, dentro del conjunto del templo, se configure como su espacio más importante. En cuanto al repertorio ornamental, además de los motivos en yeso, las pechinas de la cúpula se ornamentan con cuatro lienzos y el friso de los laterales está recorrido por una inscripción que recoge la fecha de su construcción.

Se cubre con cúpula con linterna central sobre pechinas, centrándose la decoración mudéjar en la cúpula que parece retomar el antiguo objetivo musulmán de recrear la bóveda celeste mediante la ornamentación en yeso de las superficies, con el fin de conseguir la desmaterialización del espacio. Es posible que, aunque en época tan tardía como es el siglo XVII, el barroco intente recuperar este objetivo, aplicándolo en las cúpulas de los presbiterios que son el espacio más importante dentro de los templos.

Junto con el óculo de la parte superior de la fachada de los pies, la linterna de la cúpula son los dos únicos espacios abiertos para iluminar el interior. La linterna proporciona una mayor cantidad de luz que el óculo debido a su posición en alto y a sus amplios ventanales, luz que se proyecta directamente sobre la cúpula, acentuando sus motivos decorativos.

Los espacios que se forman entre los nervios de la linterna se decoran con motivos vegetales y geométricos en yeso. La clave se ornamenta con una gran roseta de pétalos en disposición helicoidal, mientras que los nervios que compartimentan las superficies se cubrieron, al igual que los lazos de la cúpula, con perlas.

La cúpula se construyó en ladrillo, sobre el que se aplicó yeso fresco y se trazó la red de lazos, tallando a continuación sus intersecciones, rellenando después los huecos que se producen con elementos de distintos tipos realizados con molde.

La trama decorativa  es de una gran complejidad, ya que no se reduce a circunferencias que se interseccionan, como suele ser habitual, sino que los lazos presentan formas circulares que se complementan con anudamientos.

Los espacios libres se rellenan con decoración a molde aplicada que se adapta a las diferentes formas que van adquiriendo estos huecos.

Las formas que adoptan estas aplicaciones comprenden prismas irregulares que se adaptan al espacio geométrico concreto en que se insertan, rosetas en aquellos huecos en los que el lazo ha creado círculos y óvalos, medallones orlados de elementos vegetales, mascarones y rosetas.

Todo lo anterior se complementa con la bicromía de que se dotó a los diferentes elementos, donde los lazos y motivos en blanco destacan sobre el fondo gris oscuro.

Finalmente, hay que resaltar el fino moldurado de los lazos, que se decoran en su espacio central con sartas de perlas, lo que le confiere un aspecto de gran lujo decorativista.

En las pechinas se colocaron, como se ha dicho al principio, cuatro lienzos, bastante perdidos actualmente, que representan a los cuatro evangelistas. Los lienzos, que tienen forma de escudo de armas y están coronados, se enmarcan con decoración en yeso en forma de lambrequines, lo que les confiere el aspecto de blasones heráldicos.

A lo largo del friso de los lados norte y sur una inscripción ofrece los datos de la fecha de construcción y de quien fueron sus promotores: “Esta Capilla se izo de las limosnas que dieron todos los devotos eclesiásticos i secvlares de la Villa de Alqueçar i sus Aldeas i otros circvnbecinos. Año 1659”