En la segunda mitad del siglo XVI se lleva a cabo una profunda reforma y ampliación del templo, correspondiendo las obras más importantes a las realizadas entre los años 1550 a 1560. Se sabe que el arquitecto Gabriel Gombao intervino en alguna fase de las obras a principios de siglo, desconociendo exactamente a que parte afectaron.
La nave fue recrecida, cegando sus vanos y abriendo otros nuevos más altos y decorados al interior, como se verá más adelante con motivos renacentistas. Todavía son apreciables restos de estos antiguos vanos en el tercer tramo del lateral derecho, junto a la torre. Puede verse que en cada tramo se abría un alargado vano en arco apuntado y un óculo encima. Actualmente se encuentra roto el muro entre ambos, siendo visible la luz del arco y de la mitad inferior del óculo.