Alberite estuvo desde época temprana en posesión de los templarios. En 1139, Pedro Taresa y su madre hace donación a la Orden, en la persona de su maestre, Rigaldo, del castillo de Alberite, donación que es confirmada en 1141. Según documentación aportada por Ana Isabel Lapeña en su tesis doctoral “La Encomienda de la Orden del Temple en Novillas”, Ramón Berenguer IV ratifica, en un documento con fecha 21 de julio de 1151, las posesiones de la encomienda templaria de Novillas sobre los castillos de las villas de Ambel y Alberite. En 1162, Alberite pasa a depender de la nueva encomienda de Ambel, junto a Cabañas.
Con la supresión de la Orden del Temple en 1132, sus bienes pasan a la Orden del Hospital de San Juan de Jerusalén, quedando Alberite adscrito a la encomienda hospitalaria de Ambel, que a su vez dependía de la castellanía de Amposta. A esta época de jurisdicción sanjuanista se debe precisamente el topónimo de “San Juan” con el que se le conoce actualmente.