Según consta en una visita pastoral que el Obispo de Tarazona realiza en 1569 se realizaron obras de reparación en solerías y en la entrada de la capilla de San Juan y cubierta de la de Santiago. Es posible que fuese durante estas obras cuando se decorase el interior con pinturas “a lo romano”, aunque Jesús Criado Mainar en su obra “Sobre campo de azul y carmín”, establece una cronología para las mismas en torno a 1505-10, lo que las situaría junto con las obras de reforma y ampliación realizadas a finales del siglo XV cuando se añadieron las dos capillas sustituyendo al pórtico. Estas pinturas han sido recuperadas en parte y las veremos en las próximas páginas.
A principios del siglo XVII, concretamente entre 1603 y 1609, se edificó, contiguo a la fachada de los pies de la iglesia, el Convento de Santa Clara. Al no disponer de iglesia propia se les concede la utilización de la de San Miguel para asistir a los oficios religiosos.
Para ello, se adosó al citado muro de los pies un coro alto en el interior del Convento, quedando su luz cerrada al interior del templo mediante una preciosa celosía calada realizada por los maestros borjanos Domingo de Aroça y Gonzalo Cisneros, que contratan su ejecución el 10 de noviembre de 1608.