En su estado actual es difícil definir como sería el interior de la primitiva iglesia, aunque es de suponer que tuviese capillas laterales entre los contrafuertes, poco profundas y cubiertas con bóveda de cañón apuntado transversal. Ninguna de las cuatro posibles se ha conservado, ya que todas han sufrido ampliaciones e incluso fueron sustituidas.
Dentro de la ampliación del siglo XVI se abrieron las dos capillas en los laterales del presbiterio, cubiertas con bóvedas de crucería estrellada con combados. También a la misma época corresponden las estancias adosadas al ábside para funciones de sacristía.
La segunda fase de ampliaciones se produjo en el siglo XVII, ya en época barroca. Afectó a las capillas laterales de los dos primeros tramos, que se cubrieron con cúpula sobre pechinas las del primero, y con cúpula elíptica la del lado de la Epístola y con medio cañón con lunetos la del lado del Evangelio en las del segundo tramo, desvirtuando completamente de esta manera su primitiva estructura.