Al interior, la iglesia de San Félix presenta la estructura propia de una iglesia-fortaleza de testero recto, a base de nave única con capillas laterales entre los contrafuertes y presbítero de tres capillas. Coro alto a los pies sobre alfarje de madera que apea en tres arcos.
La nave consta de dos tramos que se cubren con bóvedas de crucería simple, separados por otros tres tramos cortos cubiertos con bóveda de cañón apuntado que se contrarrestan en las torres-contrafuertes. De estos tres tramos el central es más largo que los de la cabecera y de los pies.
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En la parte superior del presbiterio abre un ventanal a base de yeserías caladas y un pequeño óculo encima. La iluminación en el tramo del coro alto llega a través del gran óculo que ya hemos visto al exterior encima de la portada.
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