Se conservan de la primitiva fábrica mudéjar las dos el lado de la Epístola: la correspondiente al lado recto del presbiterio, cuya planta se acusa al exterior, y la próxima a la puerta de entrada, cubriéndose esta última con doble bóveda de crucería que actualmente parece de arista por haberse picado sus nervios.
Las tres capillas del lado del Evangelio fueron profundamente remodeladas en época barroca, concretamente a partir de 1649 con la construcción de la capilla de la Virgen del Mar, finalizando las reformas probablemente con la sustitución del coro bajo por el primitivo alto en 1679.