Uno de los elementos más interesantes de la iglesia de la Magdalena es su esbelta y airosa torre mudéjar que se levanta, dominando imponente toda la Ciudad, adosada al tramo de los pies del lado derecho o de la Epístola.
En lo referente a su cronología, Sanz Artibucilla cita el año de 1503 en que estaba realizando obras en la torre el maestro Mahoma Rubio. Esta fecha parece muy tardía para los dos primeros cuerpos que más parecen obra del siglo XV o incluso, a juicio de algunos estudiosos, de finales del XIV-principios del XV. Gonzalo Borrás la incluye dentro de las restauraciones realizadas en la Ciudad a partir de 1362, tras la guerra de los Dos Pedros que tanto afecto a sus edificios. Tampoco la fecha de 1503 se correspondería con el tercer cuerpo que, como veremos en su momento, por sus elementos ornamentales, debe de situarse, según el mismo autor y otros estudiosos del tema, en la década de 1540-1550. De esta manera parece ser que los trabajos realizados a principios del siglo XVI por Mahoma Rubio debieron de consistir, en su caso, en obras de reparación o de consolidación.