La iglesia y el primer cuerpo de la iglesia son obra de la segunda mitad del siglo XVI, ya que aunque no se ha podido concretar exactamente su cronología, sí que se tiene como referente la fecha de 1578 inscrita sobre el óculo del hastial. A ello hay que unir el trabajo de Leonor González y Carmen Arduña, recogido por Gonzalo Borrás, en el que han recopilado diversa documentación relativa a diversas visitas pastorales realizadas a La Muela. Según una de ellas, en 1544 la iglesia estaría terminada pero faltaría por resolver el tema de las cubiertas. El mismo problema se repite en 1554 cuando en la visita se reitera la necesidad de terminar los tejados. En 1574, en otra visita pastoral se ordena que “se suba la torre de la campana lo que paresciere a consejo de maestros dentro de tiempo de un año”.
Estas dos últimas fechas dan un abanico de veinte años, entre 1554 y 1574, en los cuales se llevaría a cabo el recrecimiento de ladrillo de las bóvedas y la construcción de la torre. Todo ello coincidiría con la fecha ya dicha de 1578 que figura en el templo y en la que se habría concluido su obra.
