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Al convertirse en parroquia en 1242 se produce un aumento considerable de la feligresía, lo que hace necesario el disponer de un templo con mayor capacidad, que se levantará en la primera mitad del siglo XIV tras derribar el anterior. Sabemos de su existencia en estas fechas por Diego Espés, quien recoge en su “Historia eclesiástica de la Santa Iglesia de Zaragoza” que en 1358 el consejo de guerra de Zaragoza, durante la guerra de los dos Pedros, ordena que en caso de ataque de las tropas castellanas sea derribada la torre junto con otras de la ciudad, lo que certifica que el templo se hallaba construido con anterioridad a esta fecha.
Tal y como lo contemplamos hoy en día la fábrica de la iglesia es el resultado de la profunda reforma barroca realizada entre los años 1719 y 1725 por los maestros Manuel Sanclemente y Blas Ximénez, reforma que alteró por completo el interior pero que respetó casi en su totalidad la estructura exterior del mismo, estructura que se analiza con más profundidad en las siguientes páginas.
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De las tres entradas a la iglesia la principal abría a la calle nueva de San Gil, actualmente Don Jaime I. La portada está construida alternando piedra y ladrillo, lo que crea una policromía. Se divide en dos cuerpos, el inferior compuesto por un gran vano en arco de medio punto escoltado por pilastras pareadas con capitel dórico que soportan un arquitrabe corrido sobre las que se encuentra un friso con triglifos y metopas; las enjutas de la puerta se decoran con triángulos de piedra. En el centro de l segundo cuerpo abre una hornacina con sendas pilastras laterales con dos roleos en los lados. Corona la portada una gran concha avenerada.
En la hornacina se sitúa una escultura en piedra de San Gil, representado de pie con los atributos de abad mitrado mientras acaricia la cabeza de la cierva que está a sus pies.
La entrada la templo mudéjar se encontraba a los pies de la nave, en lo que hoy es la calle Cinegio. Cuando se realiza el coro bajo en 1668 se cierra este acceso y se abren dos nuevas portadas. Una de ellas, actualmente tapiada, da a la calle Estébanes. Está coronada por encima del arco de medio punto por una hornacina escoltada por un pilar adosado que remata en un friso que le confiere un aire clasicista. De los extremos del friso, y enmarcando el conjunto, corre una orla que forma un arco deprimido terminado en ovas. En el interior de la hornacina se encuentra una escultura en piedra de San Gil, a la que le faltan las manos.
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La otra puerta, conocida como “excusada”, se abrió en el mismo muro en el que lo hacía la primitiva pero en el imafronte, lo que hoy es la calle Cinegio, dando acceso a un zaguán por que se pasaba a una torre-contrafuerte y a través de otra puerta al coro bajo, que fue paro lo que se abrió. En la parte superior del arquitrabe se colocó un relieve con dos ángeles sosteniendo una custodia representando a la Eucaristía. En la parte inferior hay una cartela con la siguiente inscripción: “BENDITO Y ALABADO SEA EL SANTÍSIMO SACRAMENTO DEL ALTAR 1670”. Este relieve es obra del escultor Francisco Franco y serviría años más tarde de modelo a su hijo Pedro cuando realiza en 1689 el relieve que corona la portada de la Iglesia de San Felipe.
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