La iglesia reformada correspondería a la edificada en el siglo XV en estilo mudéjar, cuya continuación lógica sería la torre, documentada su construcción en el siglo siguiente. Gracias a fray Diego Espés conocemos el mandato del arzobispo fray Alonso de Arguello de fecha 23 de marzo de 1425 en el que se decide construir un nuevo templo dado el mal estado del anterior: “en este tiempo estaba la iglesia parroquial de Villamayor muy dirruida y con notable peligro de hundirse y informado el arzobispo del daño que se podía seguir, mando asolarla hasta los cimientos y allí mismo reedificar de nuevo y que entretanto el santísimo sacramento esté reservado en la Iglesia de Nuestra Señora del Pueyo, ermita del propio lugar y que allí se celebren las misas, divinos oficios y se administren los sacramentos, a donde los parroquianos acudan a oírlos y a recibir los santos sacramentos como a su iglesia parroquial”
Teniendo en cuenta que este mandato debe de considerarse como la “declaración de intenciones” de edificar una nueva iglesia, y con la duda que siempre surge sobre la diligencia con que se cumplen los mandatos pastorales, lo único seguro es que el nuevo templo se construyó a lo largo de este siglo y el siguiente, desconociendo hasta el momento la fecha concreta de inicio de las obras.